个人型测序仪illumina Miseq使用案例

个人型测序仪illumina Miseq使用案例

个人型测序仪illumina Miseq是中国科学院华南植物园2013年修购的大型仪器设备，本仪器可开展快速经济高效的毛细管电泳(CE)测序应用，包括扩增测序，克隆检查。同时也可以开展新一代测序应用，如高度多重PCR扩增子测序，小基因组重测序和de novo测序，mRNA测序。

中国科学院华南植物园朱家富博士通过开展基因表达调控在新生链RNA转录水平上的研究，利用个人型测序仪illumina Miseq对GRO-seq和pNET-seq文库进行小通量测试，可以初步鉴定文库的质量，文库序列比对于拟南芥全基因组后可以确定全基因组RNA Pol II的转录位置和丰度，揭示其全基因组的转录规律。相对于哺乳动物细胞，拟南芥基因在转录起始附近的调控较为宽松，而在转录终止附近，拟南芥基因有更加严格的调控，使得RNA Pol II在转录终止位点下游1KB以内掉落，而哺乳动物细胞中的Pol II则能够继续转录至终止位点下游3KB左右。研究成果为植物中全基因组转录调控的研究提供了重要的方法和数据参考，相关科研结果已发表在国际学术期刊Nature plants( 2018;4 (5): 1112–1123)上。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41477-018-0280-0